进入明清时代，黄酒酿造则更趋成熟和完美，同时也在整个发酵酒行业中占有了支配地位。从行业产品来讲，明清时代的黄酒，是指工艺完备、酿造时间较长、颜色较深、耐贮存的发酵酒，或称之为“老酒”，其产品类型与现代黄酒基本相同。
明代以来的黄酒，其名称并没有专一性，很多人把酿造的米酒也自发地称为“黄酒”。在酿酒业还缺乏统一标准化的明清时代，酒的名词称呼并不严格。
尽管如此，明清时期的黄酒还是有了感官及认识上的大体标准。如医家用酒浸药，特别注重黄酒和烧酒的不同效力，开始区分使用。如明人戴元礼《证治要诀类方》卷四《丹类》强调：“接骨，黄酒下；欲下血，烧酒下。”医家所用的黄酒，应是最标准的黄酒。
南方和北方在酿制黄酒的原料选择上略有不同。北方一般使用大黄米。明人周祈《名义考》卷九说：“黍，北人曰黄米以酿酒者。”指的就是酿酒原料。用大黄米酿造的黄酒，俗称黄米酒。黄米酿酒，是北方酒业的传统。
南方酿制黄酒，通常使用糯米，人们为此而培育出许多品种。明人李日华《六研斋笔记》卷三记载：“酿酒必以糯。”南方糯米品种的丰富，为酿酒业提供了多样化选择。
由习惯称呼所至，很多地区出产的黄酒或米酒，都冠以“白”字，如无锡有“惠山白”，宝应有“乔家白”，南酒中有“花露白”，济南和泰州都有“秋露白”等。如果仅仅从名称上，你还很难区分这些以“白”为名的酒，究竟是黄酒还是米酒。再次强调一下，明清时代的“白酒”并不是今天所说的白酒，古今酒名称的区别很大，读者应有辨识。
乌毡帽冰雕黄酒
黄酒中包括前朝人传下来的“红酒”，其中大部分都是用红曲酿造的酒，因此颜色偏红。高濓《饮馔服食笺》卷中有“建昌红酒”的大段文字，详细讲述红酒的制作过程和注意事项。另如佚名《墨娥小录》、李时珍《本草纲目》、宋应星《天工开物》等明代著作中，也都载有红曲制法及其功能的相关资料，研究者可以参读。这些文献中的资料有些来自前代，如《本草纲目》卷二五所载资料就参考了元人朱丹溪的《丹溪补遗》一书。唐宋以后，红酒一直在发展，到明清时期已臻于完善。
黄酒中又有“豆酒”品种，这是以绿豆为曲而酿制的黄酒，或叫“绿豆酒”。雍正《浙江通志》引《会稽志》有云：“越酒行天下，其品颇多，而名老酒者特行，名豆酒者佳，其法以绿豆为曲。”按照明朝人的看法，豆酒属于优质酒种。《客座赘语》在品评明朝名酒时，就将“绍兴之豆酒”与“淮安之豆酒”相提并论，说明这两个地区出产的豆酒质量最佳。淮安出产的豆酒，声誉一直很好。清朝中期以后，江浙一带出产的黄酒攀登到中国黄酒的最高境界，当时称之为南酒。在北方酒类市场上，南酒也已牢牢占据高端地位。刘廷玑《在园杂志》中这样表述：“京师馈遗，必开南酒为贵重。”南酒群体注重整体风格，讲求产品质量，这是最终打开北方市场的关键因素。
明清时期的南酒发展到一个很高的境界，不但在酿造技术方面屡有突破，而且在产品改良方面也时有创新，整体质量稳中有升，品牌效应逐渐增强，这就使得南酒群体在全国范围内取得了竞争的优势，以至于人们谈及中国黄酒，常以“南酒”为其主导标志。直到如今，许多传统黄酒仍喜欢标以南酒名号，以显示其强势地位。
从整个产业投入来看，清康熙以前，中国南方大部分地区都以黄酒为主要酿造产业，烧酒所占的比例要低于黄酒，而在北方，黄酒产量也一直与烧酒产量平分秋色。中国烧酒的总产量超过黄酒，还应是康熙以后的事情。
